Le complexe scientifique Atlantis a été bati sous Mirror Lake, un lac d'eau douce se trouvant en Alaska et ayant la particularité de ne jamais perdre sa couche supérieure de glace.
Trois tours se trouvent ainsi au fond du lac, simplement reliés à la surface par un réseau de métro-tube traversant l'eau depuis l'entrée nichée au creux de la montagne voisine. Chacune d'elle rempli une fonction particulière:
- La Tour 1: batiment administratif et logistique déservant les tours 2 et 3
- La Tour 2: batiment de résidence et de vie du personnel
- La Tour 3: batiment des laboratoires et de la baie sous-marine ouvrant sur le lac pour les services de la maintenance